En 2020, 2021 et 2022, la chambre régionale des comptes Auvergne-Rhône-Alpes a contrôlé sept des dix parcs naturels régionaux que compte l'Auvergne-Rhône-Alpes ainsi que le conseil régional sur sa politique relative aux parcs naturels régionaux. D'après Jacques Adenot, président d'Apara - association des parcs naturels régionaux d'Auvergne-Rhône-Alpes : « Ces rapports sont globalement très positifs et c'est très une bonne chose que soit mise en lumière l'action des parcs naturels régionaux avec des éléments de fond précis et argumentés. » Ce rapport explicite les particularités des parcs naturels régionaux, outils souples, efficaces et innovants mais qui nécessitent d'être confortés pour répondre aux grands enjeux de transition économiques et climatiques des territoires ruraux et de montagne.
En Auvergne-Rhône-Alpes, première région de France par le nombre de PNR, ces derniers se sont développés sur des territoires ruraux de moyenne montagne, couvrant un quart du territoire régional. Selon la chambre régionale des comptes, si la gestion financière des PNR est plutôt rigoureuse et leur modèle « souple et efficace, proche du terrain », l'empilement administratif nuit à leur fonctionnement : « la gouvernance des PNR nécessite d'être simplifiée et une coordination de leurs actions avec les nouvelles intercommunalités s'impose », préconise le rapport. Pour les magistrats financiers, les PNR sont confrontés à « de nombreux changements qui peuvent leur nuire, notamment avec l'émergence d'intercommunalités aux compétentes renforcées et qui les confrontent à un risque de chevauchement des compétences ou d'actions sur un même territoire ».