Dans son rapport sur le budget de l'État en 2021, paru le 4 juillet, la Cour des comptes recommande de « supprimer le compte d'affectation spéciale » Casdar, qui finance les actions de développement agricole. Les sages de la rue Cambon mettent en avant un « souci de la simplification de la chaîne des recettes et des dépenses et de la lisibilité des politiques de soutien agricole ». Dans le détail, ils évoquent une enveloppe « très modeste » (114 millions d'euros), des décaissements « aux règles complexes », un « faible taux d'exécution » (54 %), qui aboutissent à un « coût de gestion élevé » (3 millions d'euros gérés par équivalent temps plein pour des versements en partie récurrents).
Pour remplacer le Casdar, la Cour des comptes propose que les crédits (issus d'une taxe sur le chiffre d'affaires des exploitants agricoles) puissent être « imputés sur le budget général, en préservant les moyens alloués, en maintenant les instances de gouvernance et en assurant la transparence de l'emploi des crédits auprès du secteur agricole. » Le Casdar finance les actions du programme national de développement agricole et rural (PNDAR). Il soutient notamment les instituts techniques agricoles, les chambres d'agriculture, les Onvar (par exemple : Trame, Terre de liens...), ou les organismes de sélection (OS) de génétique animale.